Dans la famille de Miguel, seule son arrière-grand-mère Coco se souvient de son Papá, un musicien connu qui aurait quitté sa famille à cause de la musique. Miguel est passionné de musique et vénère le célèbre musicien Ernesto de la Cruz. Par hasard, il découvre la fameuse guitare de cet artiste dans une vieille photo de famille et est enthousiasmé. Le Día de los Muertos, le jour des morts, les événements se précipitent: Miguel vole cette guitare dans un mausolée. Lorsqu'il veut en jouer, quelque chose d'étrange se produit: Miguel peut voir les morts dans le cimetière, et les vivants le traversent comme s'il était de l'air. Avec ses proches décédés, Miguel part pour le fantastique pays des morts afin de découvrir comment il peut revenir à la vie. Ce faisant, le garçon rencontre l'adorable squelette Héctor, découvre un secret bien gardé, doit combattre un dangereux ennemi et se rend compte que les choses sont parfois différentes de ce qu'elles semblent être. Mais le temps presse: Miguel ne peut quitter le pays des morts qu'au lever du soleil...